Hay algunas herramientas excelentes para la gestión de múltiples monitores, pero si estás tratando de mantener las cosas gratis y de código abierto, las opciones se reducen.
En esta ocasión se trata de una colección de aplicaciones de código abierto solo para Windows, para la gestión de la configuración de varios monitores. Las herramientas se llaman Dual Monitor Tools, las he visto en el post Dual Monitor Tools Manages Your Multiple Monitors with Open-Source Tools, de Lifehacker.
No es una aplicación única, sino un conjunto de aplicaciones individuales. Cargua sólo los que necesites para no recargar el consumo de memoria en el proceso. La suite está compuesta actualmente por cuatro aplicaciones de intercambio de pantalla: Swap Screen, Dual Wallpaper, DisMon, y Dual Swap.
Cada una de ellas permite diferentes opciones ya que como se señaló anteriormente cada aplicación es independiente por lo que podemos usar la que más nos interese.
Para obtener más partido al tema del multi-monitor, asegúrate de comprobar cómo sacar el máximo partido de tu configuración con varios monitores en Windows 7, puedes darle un vistazo al artículo Make the Most of Your Multiple Monitors in Windows 7.